1. De Europese Belastingbetalersvereniging (TAE) heeft op 25 juli 2025 een strafklacht ingediend tegen Frans Timmermans en Virginijus Sinkevičius bij het Openbaar Ministerie in München en de Europese Openbare Aanklager in Luxemburg. De klacht betreft intransparante, mogelijk illegale subsidiepraktijken tussen 2019 en 2024, met een totaalbedrag van meer dan zeven miljard euro. De klacht beschuldigt de betrokkenen van het bewust overtreden van het begrotingsrecht en het achterhouden van een geheime bijlage aan het Mercosur-verdrag. Een deel van de subsidies zou gebruikt zijn om invloed uit te oefenen op het Europees Parlement, bijvoorbeeld door subsidies aan organisaties die zich verzetten tegen het Mercosur-handelsakkoord.

2. In 2021 ontstond kritiek op de toekenning van een eredoctoraat aan Frans Timmermans door de TU Delft. Critici, waaronder ingenieur Jan Asselbergs (die een petitie met meer dan 23.000 handtekeningen initieerde), Jhr. ir. Egbert de Beyer (die zijn diploma verscheurde), en emeritus hoogleraar Guus Berkhout (die een open brief schreef), beschouwden Timmermans als een politieke figuur en geen wetenschapper, en zagen de toekenning als politiek gemotiveerd en een bedreiging voor de integriteit van de wetenschap. Meerdere hoogleraren en alumni deelden deze bezorgdheid over de verstrengeling van politiek en wetenschap en het gebrek aan wetenschappelijke verdiensten van Timmermans. De kritiek wees op de afhankelijkheid van universiteiten van politieke en Europese subsidies voor onderzoek en de mogelijke beïnvloeding van academische erkenning door financiële belangen.